Schirrmacher erklärte im Rahmen der Berliner Sicherheitsgespräche zum Thema Islamismus: „Wir brauchen Bekenntnisse und Äußerungen von Theologen und Imamen zum Thema Religionsfreiheit.“ Bis heute gebe es im Islam „keine grundsätzliche Absage“ an die Lehre des gewalttätigen Dschihad oder eine allgemeine Zusage zur Gleichberechtigung für Frauen oder der Religionen.
Es sei ein guter Schritt gewesen, Lehrstühle für Imame in Deutschland zuzulassen. Es könne aber nicht sein, dass Reformer wie der Münsteraner Islamwissenschaftler Mouhanad Khorchide von islamischer Seite als Abweichler kritisiert würden. Schirrmacher forderte einen Verzicht der Moscheegemeinden auf einen politischen Anspruch. Nur so könnten Islam und Demokratie vereinbar sein, so wie es bereits von vielen Menschen gelebt werde. Schirrmacher warnte vor einem Generalverdacht gegenüber Muslimen. Auch Fremdenhass fördere den Radikalismus.