Jede Folge von „Jesus – Comeback des Jahrtausends“ beginnt gleich: Das Handy klingelt, Gott ist am anderen Ende. „Mein lieber Sohn, wie läuft‘s denn?“, fragt er im Tonfall eines gütigen Vaters nach den Vorkommnissen auf der Erde. „Supi, alles supi“, ruft der Jesus-Sprecher mit heller Stimme und erzählt dem anderen, wo er sich gerade befindet: auf dem Fahrrad, im Zoo oder beim Arzt. Auch einen Aushilfsjob bei einer Fastfoodkette hat er schon einmal angenommen.
Die Menschen, die der Sohn Gottes in der Comedy-Sendung bei seinen Alltagserlebnissen trifft, stehen dem Bildungsbürgertum meist fern. Kaugummi-Kaugeräusche und Aussprüche wie „Spacko“ und „Alter, ey“ charakterisieren oft Jesu Gesprächspartner. Jede Folge nimmt entweder die deutsche Bürokratie oder eine bestimmte Gesellschaftsschicht auf die Schippe oder übt harmlose Kritik an einem aktuellen Gesellschaftsthema. So erfährt Jesus zum Beispiel am eigenen Leib die Leiden eines gesetzlich Versicherten und wird aufgefordert, „sechs Stunden auf dem Stromkasten“ Platz zu nehmen. In einer Fahrradkontrolle wird seine Klingel mit Kirchenglocken-Klang nicht akzeptiert, weil sie „nicht genormt“ sei. Und im Zoo wundert er sich über das Unwissen der Besucher über Eisbären, die von einer „pinken Tochter“ als „Pokemon“ bezeichnet werden. Gottes Sohn wirkt naiv und weltfremd, ergreift gegenüber Gott aber immer Position für die Menschen.
„Jesus ist zurück und staunt über die Dinge des modernen Alltags“, heißt es in der Beschreibung zu dem Format, das in der Spaßecke des Senders angesiedelt ist, nicht in der Kirchenecke. Die Sendung solle dazu dienen, der Gesellschaft einen Spiegel vorzuhalten, erklärte Jens Kerner, Leiter für digitale Kommunikation und digitale Medien bei radio SAW. Einige Hörer hätten sich beschwert, Jesus werde in der Reihe beschimpft und verunglimpft. Der Sender vertritt dagegen die Meinung, Jesus werde nicht negativ dargestellt. Nicht er sei Ziel der Kritik, sondern man sehe die „Auswüchse der Gesellschaft“ mit Jesu Augen.