Horst Marquardt wurde am 14. Juli 1929 in Berlin geboren und wuchs dort in einem christlich geprägten Elternhaus auf. Er ging zunächst in Berlin, später in Breslau zur Schule. Denn als Horst Marquardt zehn Jahre alt war, zog die Familie nach Breslau. Der Vater, Vertriebsleiter des Deutschen Verlages, war dorthin versetzt worden, um von dort aus das Gebiet Niederschlesiens zu betreuen.
Im Zweiten Weltkrieg wurde der Vater als Soldat in die Wehrmacht eingezogen, geriet nach dem Ende des Krieges im Westen in Gefangenschaft. Die Mutter flüchtete 1945 mit dem jüngeren Sohn vor der vorrückenden Roten Armee aus Breslau in Richtung Berlin. Horst Marquardt hingegen blieb in der Stadt und meldete sich im Alter von 15 Jahren freiwillig zum Volkssturm. Er wollte Breslau verteidigen. Marquardt verließ die Stadt erst kurz vor der Einnahme durch die Rote Armee. Die Familie fand sich später in Neuruppin beim Großvater wieder. Auf der Reise nach Neuruppin, so beschreibt Marquardt rückblickend, habe er seine Meinung zur Kriegsteilnahme komplett geändert: schließlich habe er diejenigen bedauert, die noch hätten kämpfen wollen.