„Ja ich bin, daraus mache ich keinen Hehl, evangelischer Christ“, so Beckstein gegenüber „Radio Vatikan“. „Ich bin in meiner Jugend als Mitglied beim CVJM sehr stark von meinem Glauben geprägt worden und bin seither immer kirchlich aktiv gewesen.“ Er ist zudem seit vielen Jahren Mitglied der Landessynode, und auch seine Frau habe er im Kirchenvorstand kennen gelernt.
Die katholische Volkskirche sei „ein großer Segen für unser Land, denn dadurch ist der Egoismus nicht so stark wie in anderen Bereichen“ und die Bereitschaft, sich für andere Menschen einzusetzen, sei „viel größer“, so der Länderchef. Daher sehe er auch seine „erste große Aufgabe“ für Bayern darin, „die Gesellschaft zu stabilisieren, dass Eltern ermuntert werden, sich um ihre Kinder zu kümmern, dass junge Menschen ermuntert werden, eine Familie zu gründen, dass man auf Werte und Grundwerte und Überzeugungen achtet“. Beckstein fügte hinzu: „Wir werden selbstverständlich den Religionsunterricht beibehalten, und wir werden schauen, dass Geld nicht alles im Leben ist.“ Er begrüßte es, dass es „sehr, sehr viele kirchliche Kindergärten“ gebe, wo Kinder auch eine Werteerziehung bekämen, so Beckstein. Jeder Mensch solle wissen, „dass an Gottes Segen alles gelegen ist“.
Beckstein sieht derzeit durchaus eine „Säkularisierungswelle“ in Deutschland. Es gebe dabei auch Auswirkungen durch die Zuwanderung von mehreren Millionen Muslimen nach Deutschland seit Ende der 60er Jahre, die eine „Welle von Moscheebauten“ mit sich gebracht habe. „Trotzdem würde ich eine derartige Tendenz nicht überbewerten“, so Beckstein. „Insgesamt müssen wir alles daran setzen, diese große Zahl von Menschen in einer möglichst guten Weise zu integrieren, dass sie wichtige und geachtete Mitglieder unserer Gesellschaft sind, ihren Beitrag aber auch für die Entwicklung der Gesellschaft leisten. Dabei spielen natürlich Religionen eine große Rolle.“
Auch als evangelischer Christ im katholisch geprägten Bayern wolle er signalisieren, dass er „große Hochachtung und Respekt“ vor dem Glauben der Katholiken habe. Deswegen führe ihn auch seine erste Auslandsreise in den Vatikan. Papst Benedikt XVI. kenne er noch aus dessen Münchner Zeit persönlich und schätze ihn „außerordentlich“.
Insbesondere hoffe er darauf, dass der Papst „sehr deutlich“ mache, dass die Europäische Union nicht mehr nur als Ordnung von Wirtschaft und Politik verstanden werde, sondern „dass Europa eine Wertegemeinschaft ist, dass es einen christlichen Ursprung hat, dass zur Identität Europas die Christianisierung gehört“. Diese Botschaft könne auch der Papst den Menschen vermitteln.