Der Schwerpunkt der Tätigkeit von Markus Bräuer wird nach Angaben der EKD wie bei seinem Vorgänger auf dem Feld des Rundfunks (Fernsehen und Hörfunk) liegen. Die technische Entwicklung habe es allerdings schon seit längerem nötig gemacht, den Rundfunk mit dem Gesamtbereich medialer Angebote zusammen zu sehen. Dem trage die neue Bezeichnung des Amtes Rechnung, Bräuer werde daher der erste Medienbeauftragte des Rates der EKD.
Bräuer ist derzeit noch Presse- und Öffentlichkeitsbeauftragter der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz. Der aus dem Kreis Brandenburg an der Havel stammende Theologe hat sein Theologiestudium am Sprachenkonvikt, der einstigen Kirchlichen Hochschule in Ostberlin, absolviert. Das Erste und das Zweite Theologische Examen hat er in der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg abgelegt. Von 1996 bis 1999 war er Pfarrer an der Zionskirchengemeinde in Berlin-Mitte und zugleich im Leitungsteam der Notfallseelsorge tätig. Von 2000 bis 2003 war er Persönlicher Referent von Bischof Wolfgang Huber und stellvertretender Pressesprecher der Landeskirche. Seit 2004 übt er sein derzeitiges Amt aus.